Naikoten II terletak di wilayah Kecamatan Kota Raja Kotamadya Kupang Nusa Tenggara Timur. Kelurahan ini merupakan sudah ada sekitar + Tahun 1935 dengan Temukung pertama yaitu Alm. Ben Tanone,
sebelumnya kelurahan ini di kenal dengan nama Kampung Waiwerang yang kemudian berubah menjadi Desa Naikoten pada masa Temukung pertama. Dalam perkembangannya, Kelurahan ini membuat berbagai prestasi yang ada dari masa Temukung, Kepala Desa hingga Lurah sekarang yaitu Bpk. Wildrian Ronald Otta, S. STP. Prestasi yang ada hingga sekarang yaitu sebagai Juara II Lomba Desa/Kelurahan Tingkat Nasional Tahun 2013 dengan mengusung Kelurahan Digital (Digital Village).
Dalam sambutannya pada hari Jumat tanggal 13 September 2013, pada acara syukuran yang diadakan di Hotel Cahaya Bapa Kupang, Bpk. Andre Otta (sapaan akrab beliau) mengatakan bahwa Kota Kupang minim prestasi selama 17 tahun. Dan tepat 2013 dalam usia Kota Kupang yang ke-17, barulah meraih prestasi melalui Kelurahan Naikoten II.
Suasana Kegiatan Persiapan Malam Syukuran di Hotel Cahaya Bapa Kupang
Pegawai Kelurahan sedang Menyapu
Pemuda Karang Taruna sedang menempel hiasan
Pemuda Karang Taruna sedang mendengar pengarahan dari Bpk. Lurah
Pemuda Karang Taruna sedang Menghias
Semoga kedepannya, kelurahan ini menjadi kelurahan teladan bagi semua kelurahan yang ada di Nusa Tenggara Timur maupun di Indonesia. Akhir kata Salam Nol Dael Mese-Nekmese Ansao Mese